Nội dung chính của Thông tư số 03 hướng dẫn các Bộ, cơ quan ngang Bộ, Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh, Uỷ ban nhân dân cấp huyện thực hiện một số nhiệm vụ:

- Xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường trong trường hợp người bị thiệt hại yêu cầu hoặc không có sự thống nhất về trách nhiệm bồi thường giữa các cơ quan;

- Hướng dẫn nghiệp vụ giải quyết bồi thường;

- Giải đáp vướng mắc về việc thực hiện pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước;

- Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra;

- Thống kê, tổng hợp, báo cáo về công tác bồi thường nhà nước.

Một trong những nội dung quan trọng của Thông tư số 03 là quy định rõ công tác thống kê, tổng hợp, báo cáo về công tác bồi thường nhà nước. Hoạt động báo cáo cần được thực hiện một cách bài bản để phục vụ công tác báo cáo Chính phủ, Quốc hội theo quy định của pháp luật, theo đó:

- Uỷ ban nhân dân cấp huyện định kỳ tổng hợp báo cáo gửi Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh trước 10/4 (đối với báo cáo 6 tháng), trước 10/10 (đối với báo cáo hàng năm);

- Các Bộ, Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh định kỳ tổng hợp báo cáo gửi Bộ Tư pháp; các Bộ được tổ chức theo hệ thống ngành dọc từ trung ương đến địa phương  thì các cơ quan tại địa phương gửi báo cáo cho cơ quan quản lý cấp trên trước 15/4 (đối với báo cáo 6 tháng), trước 15/10 (đối với báo cáo hàng năm).